Τον 19ο αιώνα, οι εξεγέρσεις και οι επαναστάσεις –στην Ευρώπη και αλλού– αλλά και οι αλλαγές στην οικονομία και η επακόλουθη εμπορική άνθιση φέρνουν στο προσκήνιο το οικονομικά ακμάζον ελληνικό στοιχείο και οδηγούν στην ενδυνάμωση, εθνική συνειδητοποίηση και αφύπνιση των Ελλήνων υπηκόων της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Η νέα αστική τάξη έρχεται επιπλέον σε επαφή με τις φιλελεύθερες και επαναστατικές ιδέες εκείνης της εποχής κι αρχίζει να οραματίζεται την εθνική αποκατάσταση του Γένους, θεμελιωμένη στις αρχές της ισότητας και της ελευθερίας και μέσω της επανάστασης τη δημιουργία ενός εθνικού κράτους ελεύθερου από την παρωχημένη και ασθμαίνουσα, αλλά πάντα απειλητική και καταπιεστική, οθωμανική κυριαρχία.
Σε πλήρη αντίθεση με το κλίμα του γενικού ξεσηκωμού το Πατριαρχείο και ο ανώτερος κλήρος, συντάσσονται πλήρως με τους Οθωμανούς και αφορίζουν εξαρχής την Ελληνική Επανάσταση. Οι «Συνεργοί της Τυραννίας» κατά τον Ανώνυμο στην Ελληνική Νομαρχία γίνονται το μακρύ χέρι του σουλτάνου και κηρύσσουν κάθε δικό του εχθρό αυτόματα και δικό τους, ακόμη κι αν πρόκειται για ομόδοξους, το συμφέρον των οποίων υποτίθεται ότι θεραπεύουν.
Η νίκη της Ελληνικής Επανάστασης επί των Οθωμανών θα αποτελούσε το έναυσμα της ξεθεμελίωσης της εκκλησιαστικής εξουσιαστικής δομής προνομίων και συμφερόντων, που το ιερατείο για αιώνες διαφύλαττε ως το βασικότερο στοιχείο της ύπαρξής του. Είναι γνωστό τοις πάσι ότι μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης η Ορθόδοξη Εκκλησία ήταν ο µόνος θεσµός, ο οποίος πέρασε αλώβητος στη νέα τάξη πραγμάτων και καθιερώθηκε ως µια δύναµη με δικαιοδοσία διαχείρισης των ζητημάτων των υπόδουλων χριστιανών.
Ως τέτοια νομιμοποιούσε την εξουσία του κατακτητή ακόμη και μέσα από μια εσχατολογική ερμηνεία της κατάκτησης, σύμφωνα με την οποία την «αλλόθρησκη» εξουσία την επέβαλε ο Θεός ως τιμωρία στους αμαρτωλούς χριστιανούς και τη δοκιμασία αυτή μόνο η δική του βούληση μπορούσε να την άρει. Αντίθετα, κάθε ανθρώπινη παρέμβαση αποτελούσε βλασφημία και αιτία της διαιώνισης της θείας τιμωρίας. Επομένως, οι δύο πυλώνες εξουσίας και διοίκησης των χριστιανών, η σουλτανική πλευρά από τη μία και το ιερατείο από την άλλη, επιβάλλονταν ως θεόσταλτο και ως εκ τούτου έργο ιερό και απαραβίαστο. Έτσι, μπορούσε ανεμπόδιστα να αναπαράγεται ο ανώτερος κλήρος, απολαμβάνοντας κοινωνικά προνόμια και εξασφαλίζοντας οικονομικούς πόρους.
Σε ένα ατελείωτο οικονομικό «αλισβερίσι» ο πατριάρχης, ως επικεφαλής του ορθόδοξου μιλλέτ (millet: θρησκευτική ζώνη διοίκησης της Αυτοκρατορίας), ήταν για τους Οθωμανούς ένας διοικητικός άρχοντας που ανήκε στο ασκερί (askeri), στην ανώτερη δηλαδή ζώνη της οθωμανικής κοινωνίας και αγόραζε στην κυριολεξία τον τίτλο του και το αξίωμά του από τον σουλτάνο, ενώ στη συνέχεια πουλούσε –με υψηλό αντίτιμο– τίτλους στους μητροπολίτες, όπως άλλωστε κι αυτοί στους επισκόπους.
Πηγή κέρδους και εσόδων για το Πατριαρχείο και τον ανώτερο κλήρο ήταν οι διάφορες τακτικές και έκτακτες εισφορές που επέβαλαν στους χριστιανούς υπηκόους. Υφάρπαζαν και αποσπούσαν από τον φτωχό λαό ακόμη και το πενιχρό υστέρημά του και κερδοσκοπούσαν ανενδοίαστα εις βάρος του. «Η λύσσα σου διά τα χρήματα είναι απερίγραπτος», όπως ακριβώς αναφέρει ο Ανώνυμος στην Ελληνική Νομαρχία, ως κριτική αυτής της τακτικής της Εκκλησίας. Και συνεχίζει: «[…] Πώς άραγε ζώσιν οι αρχιεπίσκοποι εις τας μητροπόλεις των και οποίαι εισίν αι αρεταί των; Τρώγωσι και πίνωσι ως χοίροι. […] Κοιμώνται δεκατέσσαρας ώρας την νύκτα και δύο ώρας μετά το μεσημέρι. Λειτουργούσι δύο φοράς τον χρόνον, και όταν δεν τρώγωσι, δεν πίνωσι, δεν κοιμώνται, τότε κατεργάζονται τα πλέον αναίσχυντα και ουτιδανά έργα, οπού τινάς ημπορεί να στοχασθή».
Στα έργα και τις ημέρες των μοναχών και των μοναστηριών αναφέρεται ο Γάλλος περιηγητής Bartholdy: «Αυτοί οι καλόγεροι καλλιεργούν κάθε δεισιδαιμονία, επιτρέπουν κάθε δολιότητα, καταδιώκουν τους φωτισμένους ανθρώπους. Όσες φορές βρέθηκα πλάι σε καλόγερους διαπίστωσα, με ελάχιστες εξαιρέσεις, πως είναι ιδιοτελείς, φιλοχρήματοι, μοχθηροί, απελέκητοι και απίθανα ρυπαροί. Είναι βδέλλες που απομυζούν το αίμα του λαού και βρίσκουν πάντοτε τον τρόπο να αρπάζουν για λογαριασμό τους το καλύτερο».
Σκληρή κριτική άσκησε, εξάλλου, ο Αδαμάντιος Κοραής αποκαλύπτοντας και στηλιτεύοντας τον εκμεταλλευτικό μηχανισμό αναπαραγωγής του ιερατείου, το οποίο επιπλέον κρατούσε στην αμάθεια και τον σκοταδισμό τον χριστιανικό πληθυσμό, διακηρύσσοντας την τυφλή υποταγή ως τη μόνη αρετή του καλού χριστιανού. Αμέτρητες είναι οι μαρτυρίες για την εχθρότητα του κλήρου απέναντι στους προοδευτικούς δασκάλους, τον Διαφωτισμό, την Αναγέννηση, τη διδασκαλία των επιστημών, τις νέες ανθρωπιστικές και δημοκρατικές ιδέες. Όλα τα παραπάνω θεωρούνταν παρακίνηση προς την αθεΐα μια και «οί Νεύτωνες καί οι Καρτέσιοι και τά τρίγωνα και αί φυσικαί έπιστήμαι και τά τοιούτα έφεραν άδιαφορίαν πρός τά θεία», όπως καταγγέλλεται στα Άπαντα του Κοραή.
Ο απόλυτα ενσωματωμένος αυτός θεσμός προστάτεψε λυσσαλέα τα κοινά με την Πύλη συμφέροντα κραδαίνοντας την πνευματική μάχαιρα του αφορισμού ως το αποτελεσματικότερο μέσο εξαναγκασμού, καταστολής και υποδούλωσης των απλών και αμόρφωτων κυρίως ανθρώπων. Ο αφορισμός ως μέθοδος συνετισμού ήταν ένα ισχυρότατο όπλο συμβολικής βίας με βαριές, ωστόσο, οικονομικοκοινωνικές συνέπειες για τον ανυπάκουο υπήκοο.
Για όλους τους παραπάνω λόγους η αντίδραση του Πατριαρχείου ενάντια στις διακηρύξεις και τα οράματα των διαφωτιστών ήταν άμεση. Εξαρχής, ήδη μετά τα Ορλωφικά (1770) στεκόταν ενάντια και εχθρικά σε κάθε εξεγερτικό σκίρτημα. Δεν δίστασε να συνεργαστεί ακόμη και με τις αυστριακές αρχές και κυνήγησε ανελέητα τον Ρήγα και την ομάδα του, με αποτέλεσμα να συντελέσει στη σύλληψη και τη δολοφονία του.
Με την κήρυξη της επανάστασης στη Μολδοβλαχία και την άφιξη του Παπαφλέσσα στην Πελοπόννησο, που φτάνει εκεί ως μυστικός απεσταλμένος του Υψηλάντη, το Πατριαρχείο σπεύδει να δηλώσει υποταγή στην Πύλη, αφορίζοντας την επανάσταση, τον Υψηλάντη αλλά και κάθε έναν που τολμούσε να σηκώσει κεφάλι ενάντια στον σουλτάνο.
Η επανάσταση καταγγέλλεται ως «έργον μιαρόν, θεοστυγές και ασύνετον», οι επαναστάτες χαρακτηρίζονται «μισελεύθεροι … μισόθρησκοι και αντίθεοι … σπεύδοντες να επιφέρωσι κοινόν και γενικόν τον όλεθρον εναντίον παντός του Γένους» και στιγματίζονται ως «…αφωρισμένοι υπάρχειεν και κατηραμένοι και ασυγχώρητοι, και μετά θάνατον άβυτοι, και τω αιωνίω υπόδικοι αναθέματι». Δίνεται μάλιστα η διαταγή να διαβαστεί ο αφορισμός σε όλους τους ναούς και να ειδοποιηθούν στις επαρχίες για το ολέθριο και αντιχριστιανικό αυτό κίνημα.
Ωστόσο, οι βρισιές, οι κατάρες, οι αφορισμοί και οι αναθεματισμοί, στις οποίες ειδικευόταν το ιερατείο, δεν στάθηκαν αρκετά για να σώσουν τον πατριάρχη. Ο Γρηγόριος Ε΄ απαγχονίστηκε από τον σουλτάνο, γιατί θεωρήθηκε ανίκανος να επιβληθεί στους χριστιανούς υπηκόους. Οι απολογητές του πατριάρχη, που τον παρουσιάζουν ως ιεροεθνομάρτυρα αλλά και όσοι διαστρεβλώνουν την ιστορία εξωραΐζοντας τον ρόλο της Εκκλησίας στον Αγώνα αποσιωπούν τις ιστορικές πηγές και μαρτυρίες για τον αντιδραστικό της ρόλο. Τα «ματωμένα ράσα» του Αγώνα ανήκουν σε μεμονωμένες περιπτώσεις ιερωμένων που επαναστάτησαν παίρνοντας τα όπλα και δίνοντας ακόμη και τη ζωή τους.
Δεν ξεσηκώθηκαν οι «ραγιάδες» με την προτροπή της Εκκλησίας. Αντίθετα, η Εκκλησία σύρθηκε τελικά στην επανάσταση, όταν πια ήταν φανερό ότι δεν υπήρχε γυρισμός κι ότι εκτός των επαναστατικών γραμμών η εξόντωσή τους από τους Οθωμανούς ήταν βέβαιη. Οι άνθρωποι του ανώτερου κλήρου μαζί με τους κοτζαμπάσηδες, η αριστοκρατία της εποχής εκείνης, με τη σκανδαλώδη ανήθικη συμπεριφορά τους απέναντι στον λαό είχαν χάσει εξάλλου κάθε λαϊκό έρεισμα. Άνθρωποι του συμφέροντος και όχι του κοινού καλού, εξακολούθησαν να διαπράττουν αίσχη και μετά το ‘21. «Μη μου βροντάς εμένα το πόδι, παπά, γιατί βροντώ το σπαθί και σου παίρνω το κεφάλι» όπως δικαίως αναφώνησε με οργή ο στρατιωτικός Κολοκοτρώνης στον αρχιεπίσκοπο Πορφύριο, όταν ραδιουργούσε το 1824 για να φέρει τον κοτζαμπάση Μαυροκορδάτο στην εξουσία, ανατρέποντας τη νόμιμα εκλεγμένη κυβέρνηση.
Για να ανατρέψει την αρνητική στάση μεγάλων τμημάτων του ελληνικού πληθυσμού απέναντί της, η Εκκλησία εκμεταλλεύτηκε το θρησκευτικό συναίσθημα των εξεγερμένων, επενδύοντας την ιστορία με μύθους και παρεμβαίνοντας ενεργά στη διαμόρφωση της εθνικής συνείδησης, τόσο ώστε η σύμπλευση έθνους και Ορθοδοξίας να θεωρείται, στο τέλος, διαρκής και αδιαμφισβήτητα δεδομένη.
Όσες κολυμβήθρες του Σιλωάμ κι αν στήθηκαν στην πραγματικότητα δεν μπορούν να ξεπλύνουν το στίγμα της προδοσίας του ιερατείου. Οι εξεγερμένοι χωρίς να έχουν γνωρίσει Αναγέννηση παρά μόνο σκοταδισμό και καταπίεση, ενάντια στον σουλτάνο, το Πατριαρχείο αλλά και τις Μεγάλες Δυνάμεις της εποχής, κατόρθωσαν όχι μόνο να αποτινάξουν τον δικό τους ζυγό –επικαλούμενοι τις αρχές της εθνικής αυτοδιάθεσης και της λαϊκής κυριαρχίας– αλλά να δημιουργήσουν τις ηθικές και πολιτικές εκείνες προϋποθέσεις για την εκδήλωση διαφόρων εθνικών εξεγέρσεων στην Ευρώπη. «Τίς ἄλλη, παρακαλῶ, ἠμποροῦσε νὰ ἦτον ἡ αἰτία, εἰμὴ ὁ ἔρως τῆς ἐλευθέρας ζωῆς;» όπως αναφέρει ο Ανώνυμος στην Ελληνική Νομαρχία. Κινούμενοι από τον έρωτα για την ελευθερία και τη δικαιοσύνη μάς άφησαν παρακαταθήκη στους αιώνες τον δικό τους αγώνα για να … μεθάμε με το αθάνατο κρασί του Εικοσιένα, όποτε η Ιστορία μάς καλεί στις εξεγέρσεις της κάθε εποχής!